Podemos dividir a história da alquimia em dois movimentos independentes: a Alquimia chinesa e a Alquimia Ocidental, esta última desenvolvendo-se ao longo do tempo no Egito (em especial Alexandria), Mesopotâmia, Grécia, Roma, Índia, Mundo Islâmico, e Europa.
A alquimia chinesa estaria associada ao Taoísmo e parece ter evoluído quase ao mesmo tempo que em Alexandria ou na Grécia. O seu principal objetivo era fabricar o elixir da longa vida, que segundo eles, estava relacionado com fabricação do ouro, não havendo a pedra filosofal e o homunculus, que trata-se de conceitos puramente ocidentais. Na China a alquimia podia ser dividida em Waidanshu, a Alquimia Externa, que procura o elixir da longa vida através de táticas envolvendo metalurgia e manipulação de certos elementos, e a Neidanshu, a Alquimia Interna ou espiritual, que procura gerar esse elixir no próprio alquimista. A alquimia chinesa foi perdendo força e acabou desaparecendo com o surgimento do budismo. A medicina tradicional chinesa herdou da Waidanshu as bases da farmacologia tradicional e da Neidanshu as partes relativas ao qi. Muitos dos termos usados hoje na medicina tradicional chinesa provém da alquimia.
A filosofia védica também considera que há um vínculo entre a imortalidade e o ouro. Esta ideia provavelmente foi adquirida dos gregos, quando Alexandre, o Grande invadiu a Índia no ano 325 a.C., e teria procurado a fonte da juventude. Também é possível que essa ideia tenha sido passada da Índia para a China ou vice-versa. O Hinduísmo a primeira religião da Índia, tem outras idéias de imortalidade, diferentes do elixir da longa vida.
No Egito Antigo a alquimia era considerada obra do deus Thoth, também conhecido por Hermes Trismegistus, por isto o termo hermetismo esta associado à alquimia. Na cidade de Alexandria, no Egito, a alquimia recebeu influência das filosofias gregas de Aristóteles e do neoplatonismo.
Foi graças às campanhas de Alexandre, o Grande que a alquimia se disseminou em todo o oriente. E foram os muçulmanos que a levaram novamente para a Europa, em razão da conquista Islâmica da Península Ibérica, particularmente para Al-Andaluz ao redor do ano de 950. Assim, este florescimento da alquimia na península Ibérica durante a Idade Média está relacionado a presença muçulmana naEuropa neste período. Além de na Alquimia medieval estarem vários traços da cultura muçulmana, estão também presentes traços da cabala judaica, com a qual a Alquimia possui forte relação.
Durante a Idade Média muitos alquimistas foram julgados pela Inquisição, e condenados à fogueira por alegado pacto com o diabo. Por isto, até os dias de hoje o enxofre, material usado pelos alquimistas, é associado ao demônio. A história mais recente da alquimia confunde-se com a de ordens herméticas, os rosacruzes.
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